Το Προεδρικό Διάταγμα για την ίδρυσή του Εθνικού Θαλάσσιου Πάρκου Ζακύνθου υπογράφηκε την 1η Δεκεμβρίου 1999 από τον Πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας (ΦΕΚ 906Δ, 22 Δεκεμβρίου 1999).

Ο Φορέας Διαχείρισης του Ε.Θ.Π.Ζ. συστάθηκε με την υπ' αριθμ. πρωτ. 66209 Απόφαση του Υφυπουργού ΠΕΧΩΔΕ, στις 20 Ιουλίου 2000. Το Διοικητικό του Συμβούλιο είναι δεκαμελές, στο οποίο εκπροσωπούνται η Ζακυνθινή Κοινωνία, η Περιφέρεια Ιονίων Νήσων, οι Περιβαλλοντικές Οργανώσεις και το Υπουργείο ΠΕ.ΧΩ.Δ.Ε.

Ο Φορέας Διαχείρισης έχει τη μορφή Νομικού Προσώπου Ιδιωτικού Δικαίου (Ν.Π.Ι.Δ.), μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα και τελεί υπό την εποπτεία του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Χωροταξίας και Δημοσίων Έργων.

Σύμφωνα με το άρθρο 9 του Προεδρικού Διατάγματος ίδρυσης του Εθνικού Θαλάσσιου Πάρκου Ζακύνθου, ο Φορέας Διαχείρισης έχει ως σκοπό την κατάρτιση, και την εφαρμογή του κανονισμού διαχείρισης και λειτουργίας του ΕΘΠΖ στο πλαίσιο: της ισχύουσας εθνικής και κοινοτικής νομοθεσίας για την προστασία του περιβάλλοντος στην περιοχή, των αρχών και πολιτικών για την αειφορική ανάπτυξη της περιοχής, του συντονισμού όλων των εμπλεκομένων φορέων (Δημοσίου, Αυτοδιοίκησης, Ιδιωτικών), της ευαισθητοποίησης των κατοίκων και φορέων, ώστε να εξασφαλίζεται η ενεργή συμμετοχή τους στο πρόγραμμα ανάπτυξης της περιοχής με την εφαρμογή ενημερωτικών εκστρατειών, διαφημιστικών προβολών στην Ελλάδα και το εξωτερικό και της εφαρμογής μέτρων προσέλκυσης και ανάπτυξης βιώσιμου τουρισμού.

Επιπλέον ο Φορέας Διαχείρισης έχει την ευθύνη για την παρακολούθηση των όρων και περιορισμών που θέτει το Π.Δ καθώς και για:

1. Την σήμανση των οριοθετημένων περιοχών όπως αυτές ορίζονται στο Π.Δ.
2. Την οργάνωση και την εφαρμογή μέτρων φύλαξης της περιοχής.
3. Την πληροφόρηση και ενημέρωση της κοινής γνώμης και των αρμόδιων φορέων και την οργάνωση και συντονισμό των προγραμμάτων ευαισθητοποίησης του κοινού.
4. Την κατασκευή εντός των ορίων του Θαλασσίου Πάρκου των έργων υποδομής που απαιτούνται για τη φύλαξη και τις επιτρεπόμενες δραστηριότητες.
5. Την συνεργασία των αρμόδιων φορέων της χώρας με ανάλογους διεθνείς φορείς και οργανισμούς στον τομέα της ενημέρωσης, της ανταλλαγής γνώσεων και πληροφοριών ή εκπόνησης κοινών παράλληλων προγραμμάτων.
6. Την αναφορά προς τις αρμόδιες αρχές των πράξεων ή παραλείψεων που συνιστούν παραβάσεις των διατάξεων του Π.Δ με σκοπό την επιβολή των νόμιμων κυρώσεων.
7. Την κατάρτιση προγραμμάτων για την αξιοποίηση των ιστορικών πολιτιστικών λαογραφικών και φυσικών μνημείων της περιοχής.
8. Την κατάρτιση της μελέτης αξιολόγησης των προστατευτέων αντικειμένων και εισήγηση για την τυχόν τροποποίηση των ορίων προστασίας τους.
9. Τη χορήγηση αδειών δραστηριοτήτων (βαρκάρηδες, σχολές, καταδύσεις).