Ο Φορέας Διαχείρισης του Ε.Θ.Π.Ζ., έχοντας την κατάλληλη εμπειρία και τεχνογνωσία, ήδη από την ίδρυσή του, συμμετέχει και εκπονεί πληθώρα Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων. Ενδεικτικά αναφέρονται τα ακόλουθα:
► Πρόγραμμα FishMPABlue 2 (2017-2018): Ευρωπαϊκό Πρόγραμμα Interreg MED με τίτλο: "Αλιευτική Διακυβέρνηση στις Θαλάσσιες Προστατευόμενες Περιοχές (Θ.Π.Π.): Δυνατότητες για Μπλε Οικονομία 2", το οποίο έχει ως στόχο την Βιώσιμη Διαχείριση της μικρής κλίμακας παράκτιας αλιείας στην Προστατευόμενη Περιοχή του Ε.Θ.Π.Ζ. με την εφαρμογή καινοτόμων εργαλείων διακυβέρνησης.
► Πρόγραμμα BlueCoast (2018-2020): Ευρωπαϊκό Πρόγραμμα Interreg Greece-Albania με τίτλο: "Κλιματικά - Έξυπνες Παράκτιες Πρακτικές για τη Γαλάζια Διακυβέρνηση", το οποίο έχει ως στόχο, μέσω της διασυνοριακής συνεργασίας της Ελλάδας και της Αλβανίας, την διατήρηση και προστασία μερικών από τους σημαντικότερους οικοτόπους στη Μεσόγειο για την θαλάσσια χελώνα Caretta caretta.
►Πρόγραμμα PlasticBusters MPAs (2018-2022): Ευρωπαϊκό Πρόγραμμα Interreg MED με τίτλο: "Προστασία της βιοποικιλότητας από τα πλαστικά σε Μεσογειακές Θαλάσσιες Προστατευόμενες Περιοχές", το οποίο έχει ως στόχο να συμβάλει στην διατήρηση της βιοποικιλότητας και των φυσικών οικοσυστημάτων σε πελαγικές και παράκτιες θαλάσσιες προστατευόμενες περιοχές (Θ.Π.Π.) μέσω της καταπολέμησης των θαλάσσιων απορριμμάτων.
► Πρόγραμμα Ε.Π.ΠΕΡ.Α.Α (Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Περιβάλλον και Αειφόρος Ανάπτυξη) στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2007-2013.
► Πρόγραμμα Ε.Π.ΠΕΡ (Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Περιβάλλον), στο πλαίσιο του Γ’ Κοινοτικού Προγράμματος Στήριξης 2000-2006.
Σε αυτά τα δύο προγράμματα εντάχθηκε η λειτουργία του Ε.Θ.Π.Ζ και των δράσεων του Φορέα Διαχείρισης.
► Πρόγραμμα MedPAN NORTH (2010-2013). Το πρόγραμμα λειτουργεί στα πλαίσια του Δικτύου Διαχειριστών των Θαλάσσιων Προστατευόμενων Περιοχών της Μεσογείου “MedPAN” και έχει σαν στόχο στην ανταλλαγή γνώσεων και εμπειριών μεταξύ των προστατευόμενων θαλάσσιων περιοχών της Βορείου Μεσογείου, με σκοπό την βελτίωση της διαχείρισης των περιοχών τους.
► Πρόγραμμα ARGOMARINE (2009-2012). Ευρωπαϊκό Πρόγραμμα για την παρακολούθηση της θαλάσσιας κυκλοφορίας και ρύπανσης, λόγω των θαλάσσιων μεταφορών και των σκαφών αναψυχής που διαπλέουν ¶περιβαλλοντικά ευαίσθητες θαλάσσιες περιοχές.
► Πρόγραμμα ARCHICHARTER (2006-2009). Ευρωπαϊκό Πρόγραμμα ARCHICHARTER στα πλαίσια της
Κοινοτικής Πρωτοβουλίας INTERREG III B ARCHIMED. Το πρόγραμμα προωθεί την εφαρμογή του βιώσιμου τουρισμού σε ελληνικές και ιταλικές Προστατευόμενες Περιοχές.
► Πρόγραμμα Ε.Π.Ε.Α.Ε.Κ (2000-2006). Το πρόγραμμα περιλαμβάνει την περιβαλλοντική εκπαίδευση των μαθητών Α/βάθμιας και Β/βαθμιας εκπαίδευσης προσαρμοσμένο στο μαθησιακό επίπεδο τους, ώστε να επιτευχθεί η μέγιστη ενεργοποίηση και ευαισθητοποίηση των αυριανών πολιτών.
► Πρόγραμμα LIFE-Environment Programme “ZANTECOAST” (2001-2004). Προώθηση του σχεδίου, “I.C.Z.M (Integrated Coastal Zone Management): Demonstration Actions in the National Marine Park of Zakynthos”, για την ολοκληρωμένη διαχείριση παράκτιων περιοχών, συγχρηματοδοτούμενο από την Ευρωπαϊκή Ένωση με το LIFE-Environment Programme
